良好的内控制度，可以有明显效果地约束企业的主要经济行为和关键岗位人员，确保企业经营和管理运行良好。学威国际商学院结合多位专家教授的财务管理研究经验，总结了企业在内控设计时面临的十个突出问题。
企业设计内控制度时，如果忽视目标定位，有极大几率会出现设计目标不集中、思路不清晰问题：一是关注内控的具体目标，忽视内控制度设计应当服务于公司发展的战略目标;二是战略目标调整、业务模式改变后，内控程序不能跟上企业变革的步伐;三是内控制度侧重查舞弊、防风险，忽视财务报告和管理信息的真实、可靠和完整，表现为过程控制和结果控制不平衡，高级管理人员容忍甚至授意、指使会计造假，为虚构业绩、隐瞒利润或偷逃税款而放弃内控。
企业内控制度的设计，在层次上应涵盖董事会、管理层和全体员工，在对象上应涉及各项业务和管理活动，在流程上应渗透到决策、执行、监督、反馈等所有的环节。而选准关键控制点是制定内控制度的核心，只有抓住关键控制点，才能有很大成效避免内控真空。比如，销售收款环节的关键控制点之一是销售人员不得直接收取销货款。有的企业为方便工作，在一定条件下允许销售人员直接收取销货款，这样的内控制度为无良人员截留、挪用甚至贪污货款提供了可能。
内控制度设计需讲求控制效率和效果，合理权衡成本和效益的关系，避免两个极端：一是成本节省偏好，即使对重要业务与事项、高风险业务领域，也不舍得投入必要的控制成本;二是苛求控制效益，设计的控制程序繁琐，管理刚性有余但缺少必要的变通，执行难度大、效率差。把握好成本效益原则，需要记住：内控不在繁简，管用就行。
企业之间因所有制形式、组织形式、行业特点、经营模式、业务规模、企业文化等方面的差别，在实施内控时也有不同的要求。借鉴别人的经验本无可厚非，假如只是简单照抄，千人一面，内控制度不能充足表现个性化差异，那只能算是充当门面，很难具有可操作性。
有的企业内控制度沿袭传统，一朝制定多年不变，很难适应企业的发展，使得内控制度不能随着外部环境的变化、经营业务的调整和创新、管理要求的提高而改进和完善，使得企业在新情况、新问题面前没有应对措施。为此，企业内控制度也要与时俱进。
有的企业把内部控制等同于内部会计控制，认为内控是财务部门监督其他部门的职责，往往形成财务部门单枪匹马抓内控，却得不到其他部门协同配合和支持理解的被动局面。高级管理人员，特别是直接负责的主管人员在认识上的误区、自身能力的限制、管理上的偏好等因素，都可能使企业部门之间的内控协同效果弱化。
企业内控的程序应当与业务流程环环相扣，相关的控制要求应当延伸到业务的各个链条，业务链条变化后也应当有恰当的控制程序与之相适应，否则就也许会出现控制程序脱节的问题。比如，有的企业在合同控制中，只关注合同评审和签订，不注重合同的执行和变更，或者虽然关注合同的执行，但跟踪控制程序只是参照初始签订的合同，不深入分析合同改变原因，不认真了解合同条款变更的内容，使得控制程序脱节。
企业的组织架构、岗位设置和权责分配应当科学合理，确保不同部门、岗位之间权责分明并有利于相互制约、相互监督。但习惯代替制度、信任逾越监督的问题在不少企业都有所表现，少数人拥有凌驾于内控之上的特殊权力，负责监督的部门被边缘化，不敢行使监督权。
内控制度设计应当以企业的工作环境为依托，不同的工作环境和人员安排，对内控的要求也不完全一样。有的企业派驻外地的经营网点不设立分公司，异地经营网点的采购、仓储、保管、销售、收款业务完全依赖同一部门的工作。随着网点的经营规模扩大，其自主经营时间越长，企业面临的风险就越大。在此经营环境下，若没有适当的内控制度安排，单独依靠内部审计和突击检查是解决不了问题的。
企业管理系统往往具有一定的局限性，有的企业缺乏对系统流程与内控有效性与适配性的评估，流程再造不彻底，管理系统与控制环节脱节甚至矛盾，系统更新不及时，内控工作又过分依赖管理系统，形成系统流程和控制程序两条主线的排斥效应，有可能造成管理混乱和控制程序失效。
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